El principal problema es al consultar el correo desde diferentes lugares o también si muevo mensajes y/o carpetas en mi escritorio, ¿qué pasa en el webmail? Es decir, el problema es que lo mismo que hago en el escritorio (con el cliente de correo) lo vea al conectarme con el navegador (webmail). Eso se soluciona utilizando el protocolo IMAP, en vez del protocolo POP. ¿Porqué? Pues porque con IMAP todo lo que haces en el cliente, se sincroniza con el webmail, es una comunicación de ida y vuelta. Es decir, si por ejemplo mueves un mensaje de una carpeta a otra, te conectas con el webmail y voilá, el mensaje se movió. Y viceversa.
Y, ya que es tan bueno, ¿cómo configuro una cuenta IMAP? Pues eso depende de tu proveedor de correo, no todos tienen ese servicio. Esta es la configuración para tu cuenta gmail:
De esta manera, puedes olvidarte de entrar vía web, sólo cuando estés fuera de tu lugar habitual. Pruebalo, te lo recomiendo
Y esto ¿porqué no lo había antes? Sí que lo había, de hecho IMAP es del año 1986. Lo que ocurre es que con este protocolo se sobrecargan los servidores (vamos, que le cuesta más al proveedor) tanto en capacidad de almacenamiento como en el procesado de mensajes. Por eso antes lo habitual era el protocolo POP (todavía lo es), pero no sólo es más antiguo sino que es, digamos, peor. Eso sí, era más barato implementarlo.
Si quieres saber más pues:
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Comentarios Antiguos Ver 
La mayoría de la gente utiliza MS Outlook Express como cliente de correo (y eso que hay otros mejores). Esta es una guía muy buena para configurar una cuenta IMAP en MS Outlook Express, para MS Outlook (que tiene calendarios, tareas y demás) es similar.